以银河中心为目标的移民船队“MACROSS FLONTIER”，迎来了前来举办演唱会的邻舰“MACROSS GALAXY”出身的偶像歌手谢莉尔·诺姆。谢莉尔的歌曲在整个银河网络里排名极高，作为顶尖偶像的她拥有着众多崇拜者，少女兰卡·李便是其中之一。兰卡是一名非常普通的高中生，在一家中国餐馆打着零工。她唯一的亲人便是大她很多的兄长奥兹马。奥兹马是特种部队SMS中领导valkyrie部队精锐机师，替妹妹着想的他，总是对战斗中遇到的种种险境只字不提。那一天，兰卡打算去FLONTIER观看谢莉尔的演唱会，在匆匆忙忙赶往会场的途中她遇到了机师学员早乙女アルト（暂译：早乙女有斗）。就在这时，突如其来的未知敌群对FLONTIER发动了 。敌军拥有比VF部队更胜一筹的军力，导致新统合军节节败退，市民居住区被侵占。为收拾残局，奥兹马率领着SMS的VF-25队出动了。这些不明宇宙生物的目的究竟是什么？人类能对抗这次的危机吗？