高中生侦探——工藤新一。虽然只有17岁，但凭借着来自著名侦探小说家的父亲的优良遗传基因（又是一个优生学的拥护者），以高超的推理能力破获了不少令警察们束手无策的悬案，成为了名噪一时的名侦探（日语即大侦探的意思！）。 然而命运之神却跟他开了个大玩笑，在一次与他的青梅竹马毛利兰到游乐场约会的时候，新一无意间看到两个黑衣人进行非法交易， 因为看的太入神被另一个黑衣从后面击昏。黑衣人乘机给他喂下犯罪组织新研出来的毒药。 结果新一虽然幸运的没有死，可是当他醒过来的时候居然变成了5岁小孩的模样。 如果让黑社会组织知道新一还活着，就又会招来杀身之祸，也会连累到身边的人，所以新一只把事情告诉了邻居阿笠博士。 这时小兰来博士家找新一，在她的追问下新一急中生智脱口而出，谎称自己是阿笠博士的远房亲戚“江户川柯南”，柯南这两个字取自新一最崇拜的大侦探“福尔摩斯”之父——柯南道尔，而江户川则源自日本著名的侦探小说家江户川乱步。 在博士的帮助下成功的瞒过了小兰，为了搜集黑暗组织的情报，新一寄宿到小兰家——毛利侦探事务所。谁知小兰的父亲毛利小五郎只是个三流的糊涂侦探（此人绝对够资格被评为世上最无能和最自大的糊涂..