「棒球大联盟」，是父亲为职业棒球选手的少年·吾郎，立志再打棒球，并以成为主流·联盟（日本职业棒球联盟）选手为目标的故事。
Major系列二是从吾郎初中3年级时重返阔别了4年的三船町开始的。吾郎转校来到三船东初中，在与少年棒球锦标赛时代的棒球队友·小森等人再次相遇的同时，得知该校的软式棒球部正面临废部的危机。不过，虽看到棒球部队长小森的辛苦，吾郎不知何故并未加入棒球部，反而进入足球部。原因到底是……!?
后来，与小森他们一起再次开始打棒球的吾郎，意外的遇到了从小时侯认识的·寿也。本系列前半部分，故事主要围绕吾郎和寿也的对抗展开。之后，初中毕业的吾郎和寿也，一起升入了棒球名校·海堂高中。在那里，与遇到的棒球部队友们互相切磋，并一边培养团队合作，一边以进军甲子园为目标。