C.E.70...由「血之 」引发的ZAFT和地球联邦的武力对抗进入白热化阶段，双方付出了巨大的代价。第二次亚金·杜维攻防战后双方签订了停战条约。但是新人类和旧人类之间的纷争的火种却并没有因此而消灭。在那场战争中，在地球军攻击奥布时，飞鸟真一家在逃亡的途中被牵连，飞鸟真目睹了双亲和妹妹在自己的眼前死去。握着妹妹留下的手机，无比悲伤的真的头上，飞过了战争的元凶「机动战士高达」。悲伤的真离开奥布，前往了PLANT...C.E.73 他成为了ZAFT的战士...
　　为充满了执迷和憎恶，所以人类的斗争永无休止。即使是短暂的和解也不能解决根本问题，生活在地上的人们和宇宙的人民互相皆不相让。这时，名为Ｇ的ＭＳ被再度建造出来，预示着新的战争一触即发。在基拉与眼泪一起消逝了很久之后，另一方面，阿斯兰和卡嘉丽也一直逃不出无所不在的政治网络。 Ｃ.Ｅ73年，自前作中的大战结束大约经过2年，帕特里克死亡后，新议长基尔巴特继任并领导着ＰＬＡＮＴ逐渐走向和平稳定。在阿斯兰退役后，一个名叫真·飞鸟的少年作为萨夫特的顶尖高手脱颖而出。这个眼神忧郁的少年由于在先前的战争中失去了亲人，所以才会变得如此孤独和自闭。他身上所发生的就是“战争的悲剧”。那..