在遥远的未来—— 人类分为了以有人兵器、也就是STRAIN为主要战斗力的“联盟”，和以无人兵器，也就是TUMOR为主要战斗力的“帝国”两个阵营，开始了不知如何界定开始的无尽的战争中……（有点老套的世界观） 所属“联盟”的名门独生女萨拉·威勒克，16岁，为了成为出色的“理论者（STRAIN的驾驶员）”而进入勒克拉尼奥星域的一个寄宿制理论者培训机构——古拉贝拉空间机甲兵科学院。有着顶尖成绩的她，其实有着想和最爱的哥哥再会的秘密。 而萨拉的哥哥，拉鲁夫·威勒克，在萨拉只有11岁的时候，受特别命令去了远在130光年外的最前线参加战斗。去那里乘坐的是联盟最快的亚光速舰艇，客观上来说，时间已经过了400年。但是，从主观时间（搭乘人员所感受的时间）上来说，就好像浦岛效果（日本童话中那个浦岛太郎）一样，只不过经过了2年而已。也就是说，如果萨拉想再见她的哥哥的话，就必须去和她哥哥同一个战地。 兄妹在年幼的时候就失去双亲，与最爱的哥哥的再会，是萨拉生存的意义。 某天，因为敌方——帝国的TUMOR部队的奇袭，萨拉所在的行星收到了毁灭性的打击。而且在袭击当中，从联盟的研究所将一名沉睡在密封舱中的神秘少女带走的帝国将领，竟然是萨拉朝思暮想、希望再见的哥哥拉鲁夫！ 为了弄清真相，萨拉开动STRAIN追赶着他们，受到了拉鲁夫机的攻击，操纵STRAIN的关键MIMIC（驾驶STRAIN的飞行员理论者的脑复制）收到了破坏，萨拉失去了作为一个理论者的能力。作为哥哥的拉鲁夫，竟然夺去了她的生存之术！而且，这还只是萨拉悲壮命运的开始而已……