[天使禁猎区03]故事是从中空回廊印封的有机天使亚蕾克西尔之躯体被盗开始的。邪鬼九雷与其堂兄紫罗九音为了让亚蕾克西儿复活而前往人界寻找亚蕾克西儿灵魂所托之人（简称“持魂者”），于是遇上了本故事的主角无道刹那。当时刹那正陷入与其胞妹无道纱罗的矛盾苦恋中，无暇顾他。同时，偷跑来人界的炽天使肯达为解救被封印的无机天使罗洁爱尔而实行所谓的“天使禁猎区”计划，即向灵力高的无辜学生奉送可以吸取其灵力的游戏光盘，然后通过召唤阵将这些灵力集中起来（当然灵力被吸走后人就会死亡）并达到解封的效果。现在各路人马都齐集于物质界——地球，揭开人界天界魔界新纪元的大事件即将发生。然而，刹那对自己是亚蕾克西尔的持魂者一事一无所知且毫不关心，但命运的残酷让他不得不正视这一点。首先是最信赖的学长吉良朔夜在他眼前被杀，然后发现了吉良学长不是人类的真相，之后最宝贵的妹妹死于非命。悲哀和愤怒使刹那觉醒，世界因而崩溃了。