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故事发生在暗之书事件[第一季]十年之后
奈叶、菲特和疾风都已经成为时空管理局的精英部队，她们一同在机动六课工作
有一天，两位新成员昴和迪亚娜的加入，拉开了新事件的开端。
她们在寻找圣遗结晶的过程中遭遇了神秘的无人战斗机的袭击
事件持续扩大，次元世界的全部都被卷入了进去……

初春的事件结束后的12月，成为小学3年纪学生的高町奈叶，继续着她作为魔法少女的生活。期待着能和以前曾经争斗过现在已经成为好朋友的菲特·特丝塔洛莎再次相会的日子。

　　有一天，平静的日子里突然出现了一个身穿魔法服的少女瓦依塔，不分青红皂白的开始向奈叶发动攻击。目的则是为了夺取奈叶所拥有的巨大魔力，收入「闇之書」里。「闇之書」――那是时空管理局通缉的一级搜索物，禁断的古代遗产之一。