自幼沉迷研究草药的李时珍(林文龙)与冬青(叶璇)互相倾慕，可惜他与吴慕榕(李诗韵)早有婚约在先。珍本打算科举后与榕解除婚约并向青表白，岂料珍应考回乡后，青已答应了珍兄长(艾威)的提亲，珍不得已娶榕为妻。其后，珍拜奇医小地藏为师，原来他正是青之养父。
珍发现古代的医书谬误甚多，而假药亦充斥市场，因而立志撰写《本草纲目》。珍获楚王推荐入太医院当太医，编写《本草纲目》一事，因珍开罪了权贵严嵩而受到阻挠，珍更从此展开了逃亡的生涯，期间太医院高材生庞宪(马国明)一直追随在侧。珍自此一边隐世行医，一边研究草药，决意穷一生精力完成《本草纲目》。