在忍之谷附近的一個山洞，發現不明物体似向某個地方傳達訊息......另一 邊在疾風流忍術學校忍風館，館長日向無限齋為應付五百年一次的忍術比試，開始教導衆\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\學員。突然間發生地震，結界被破壞，宇宙忍群邪神者出現並將所有疾風流學員殺光。幸好無限齋的女兒朧把殘存的三名學員鷹介、七海及吼太救出，並任命他們成為傳說中的繼承人忍風俠。 邪神者為了得到「那東西」，忍風俠便阻止他們。在戰鬥期間出現了兩名神秘戰士，他們自稱為轟雷者，原來是另一 派迅雷流生還的霞兄弟，但是他們憎恨疾風流並以他們為敵。為了達到邪神者同一目的，於是不斷刁難忍風 俠。後來他們因被利用而心心不忿，和得到鷹介三人體諒，最终兩大流派一起聯手對 付邪神者，並成功消滅宇宙忍者 二之槍。 五位忍者戰士受了中忍一擊，生命危在旦夕，接近死亡邊緣之際，綠之光彈手裏劍者及時出現救活他們，因為他的出現，不知道其身份只靠變裝執行任務，他的主人就是宇宙統一忍者流的始祖覺羅。所有宇宙忍者被擊敗，其後「那東西」迫近，鷹介及忍者們全力去阻止地球變成黑暗世界。