故事发生在第一次地球联合战争爆发8年以后。随着越来越多的资深驾驶员在残酷的战斗中丧身，政府下令十几岁的少年也必须参军。在这样的时代背景下，年轻的联合军驾驶员工藤シン驾驶着爱机F-14出战。在一次战斗中，工藤不幸迫降在南海的一座孤岛上。但其实联合军和反联合军双方都探测到了岛上有异常能量反应，而主角却对此浑然不知......　
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这部为了纪念MACROSS廿周年的呕心沥血之作的时代背景是初代电视卡通的一年前,由于外星人的超科技(OverTechnology)降落至地球而发生了争夺战,也就是地球统合战争,本作品就是这场战争打得正激烈时所发生的故事.主角工藤真是隶属统合政府一方美国海军的飞行员,某一天他因为迫降于南海的孤岛而邂逅了一对姊妹.

影片内有许多MACROSS迷一定会感动得热泪盈眶的画面-F-14对米格廿九的空战,Valkyrie的原型机VF-0....等等,有大量的全3D计算机动画.而影迷最期待的变形画面也以3D完全重现,绝对不可错过!这些竭尽心力所绘制的机械动画虽然是目前这部作品的瞩目焦点,但还有更令影迷感激涕零的情报哦!那就是有电视版超时空要塞MACROSS的重要角色会登场!

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