一亿四千年前，大部分恐龙灭绝了，残余的一效部分来到了地下，并发展成为拥有高科技的恐龙帝国，并开始制造机械恐龙向人类进攻。流龙马等人为了保护人类驾驶“三一万能侠”与恐龙帝国开始了战斗……
出擊！！NEO三一萬能俠：經過數萬年的時間，突然再現的爬蟲人類以「恐龍帝國」之名而向人類攻擊。在漫長的戰鬥當中，武藏不理受傷的龍馬及隼人，單獨駕駛三一萬能俠向敵軍進攻。在武藏最後之戰的5年後，「恐龍帝國」再次開始活動。而此隼人帶同新型的三人萬能俠更新駕駛員楊翔及大道？出戰。但三一萬能俠是需要三人合力才可以發揮出最高的威力。那另一位駕駛員又身在何方呢？關係著人類亡的一戰即將展開！！