残酷的故事讲述了日本还在江户时代时的1792年，杀死了做恶的贪官上司，并在逃亡途中无意间杀死了前来追捕自己的妹夫，虽然万次想放下屠刀却不断被人追杀，还毁掉了妹妹的一生。却由于被八百比丘尼埋进了血仙虫而拥有不死之身的剑士万次，为了解开血仙虫造成的不死之咒语，发誓杀一千个恶人来赎百人斩的罪。遇到身负血仇的孤女凛后，他决定帮助其报仇。一路遭遇凛的仇人「逸刀流」、旨在剿灭逸刀流的幕府密探「无骸流」以及其他种种势力或个人。在无法界定对错的凛的复仇之旅中，万次打败了一个个强悍的对手——也许对他来说，千人斩的实现仅仅是时间的问题。可是，剑客都是双手沾满鲜血的人，谁为善心，谁又为恶人，万次有鉴定的资格和能力吗？