小学五年级学生松田启人在上课时随手涂鸦了一只数码宝贝---基尔兽,没想到基尔兽竟然出现在现实世界里了,启人也成了基尔兽的驯兽师.而在现实世界出现的数码宝贝不只有基尔兽一只,还有一只幼年期数码宝贝-古乐兽.启人遇见了大耳兽的驯兽师---建良,之后又认识了(数码暴龙皇后)妖狐兽的驯兽师---牧野留姬,(这三位小学生就是驯兽师之王的三位主角)还有古乐兽和小妖兽.古乐兽的身份对启人等来说一直都是个迷,当数码宝贝进化时古乐兽都会出现.但是,古乐兽却被帝魔捉回数码宝贝世界去了.三位主角下定决心要把古乐兽从数码宝贝世界中救回来,冒险就从这里开始了....