1995年，一座名为神隐岛的离岛上的居民，全部800多人在一夜之间消失无踪，而且没有任何关于失踪原因的线索。但是，一名丧失了全部记忆的少女成为了唯一存留的人。 4年后，已经16岁的少女玛丽，离开了扶养自己的祖母，进入了住宿制的女子高中——私立海凰学园就读。 在那里碰到了一位名叫萩乃的少女。萩乃被学生们拥戴，把班长的职务也处理得井井有条，但是遇到玛丽就变得非常激动。甚至想用手勒死玛丽。玛丽对于在其它学生面前仍然现得若无其事的萩乃感到害怕和排斥，不过又隐约觉得对方有什么地方让自己很在意。其实，萩乃是被当作侵略地球的调查部队队员而潜入的外星人。神隐岛的事情，是萩乃担任舰长的战舰BLUE号引起的。200名乘员和岛民们不知道原因地互相残杀致死。最后，BLUE也因受到了很大的损伤而不得不潜伏起来。萩乃在等待BLUE恢复的期间，继续潜入人类社会进行调查。 　 在学校生活期间，玛丽和同学们有过冲突，但很快就得到理解，关系也变得融洽起来。而继续过着伪装生活的萩乃通过与玛丽的相识，通过对人类的正面的理解，对自己的使命渐渐地产生了疑问。 没有人知道侵略战争正在不断迫近眉睫。但此时，她们之间的理解正在进行之中……